11 августа 1941 года в целях усиления противовоздушной обороны дальневосточных рубежей, воинские соединения и части авиации и войсковой ПВО на территории расположенные на территории Дальнего Востока, были объединены в Дальневосточную зону ПВО со штабом в г. Хабаровске.

С 1 декабря 2010 года войска 3 командования ВВС и ПВО вошли в боевой состав ордена Ленина Краснознаменного Восточного военного округа.

В настоящее время в Дальневосточное объединение ВВС и ПВО входят воинские части (базы) армейской и фронтовой авиации, части войск противовоздушной обороны, части радиолокационного обнаружения, технического и тылового обеспечения. Зоной ответственности объединения ВВС и ПВО воздушное пространство от озера Байкал до Чукотки и территориальные воды Северного ледовитого и Тихого океанов.

На сегодняшний день значительно вырос уровень боевой подготовки военнослужащих объединения. За последние два года подготовлено 8 летчиков-снайперов, 34 летчика 1 класса, 71- второго класса, 80 –третьего класса.

Только в прошлом году авиационные части объединения провели 1200 учебных бомбометаний, более 3 тысяч раз дежурные звенья были подняты на перехват.

В текущем году войсками объединения было обнаружено и проведено более 60 тысяч воздушных объектов, в том числе 144 иностранных воздушных судна, из них 77 самолетов- разведчиков сопредельных государств.

Для предотвращения возможных вторжений воздушных судов в воздушное пространство РФ в 2011 году более тысячи раз приводились в готовность к боевому применению, зенитно-ракетные дивизионы, дежурные экипажи истребительной авиации и подразделения радиотехнических войск.

Боевая техника и вооружение войск командования постоянно обновляется. Радиотехнические войска оснащены современной РЛС «Противник-Г». Личный состав зенитных ракетных дивизионов осваивает новейшие комплексы С-44 «Триумф». Авиапарк 3 командования пополняется новыми многоцелевыми истребителями СУ-27СМ. На вооружение авиабаз армейской авиации поступают многоцелевые ударные вертолеты КА-52 «Аллигатор».